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D'après une légende, la famille impériale japonaise aient habité dans la région de Miyazaki mais suivant le conseil d'un ancien de la tribu, ils soient partis pour conquérir la région de Kinki, mieux située pour gouverner le Japon.
Après leur départ, la ville avait disparu complètement de l'histoire. C'est à partir de 1883 que la ville a de nouveau fait surface quand le gouvernement l'a choisie comme le chef lieu du département de Miyazaki nouvellement créé.
Une procession (Jimmu matsuri ou fête de Jimmu) se produit le 26 octobre de chaque année.